Во рамките на наставно-научните организациски единици, Факултетот за физичко образование, спорт и здравје има 7 основни внатрешни организациски единици – катедри и тоа:
| КАТЕДРА ЗА МОНОСТРУКТУРАЛНИ СПОРТСКИ АКТИВНОСТИ |
| АНТРОПОМОТОРИКА |
| СПОРТСКА ГИМНАСТИКА |
| КАТЕДРА ЗА ТЕОРЕТСКИ И МЕТОДСКИ ИСТРАЖУВАЊА |
| ДИДАКТИКА НА ФИЗИЧКОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
| ТЕОРИЈА И МЕТОДИКА НА СПОРТСКИОТ ТРЕНИНГ |
| ТЕОРИЈА И МЕТОДИКА НА СПОРТСКАТА РЕКРЕАЦИЈА |
| КИНЕЗИОЛОШКА АНТРОПОЛОГИЈА |
| КАТЕДРА ЗА ОПШТЕСТВЕНИ НАУКИ |
| ПСИХОЛОГИЈА НА ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
| ИСТОРИЈА НА ФИЗИЧКАТА КУЛТУРА |
| СОЦИОЛОГИЈА НА ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
| МЕТОДОЛОГИЈА СО СТАТИСТИКА |
| КАТЕДРА ЗА БИОЛОШКО-МЕДИЦИНСКИ НАУКИ |
| КИНЕЗИТЕРАПИЈА |
| БИОМЕХАНИКА |
| МЕДИЦИНА НА СПОРТОТ |
| ХИГИЕНА ВО ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
| ФИЗИОЛОГИЈА |
| ФУНКЦИОНАЛНА АНАТОМИЈА |
| КАТЕДРА ЗА ИНДИВИДУАЛНИ СПОРТОВИ |
| АТЛЕТИКА |
| ПЛИВАЊЕ СО ВАТЕРПОЛО |
| БОРЕЧКИ СПОРТОВИ – 1 (БОКС И БОРЕЊЕ) |
| БОРЕЧКИ СПОРТОВИ – 2 (ЏУДО И КАРАТЕ) |
| КАТЕДРА ЗА СПОРТСКИ ИГРИ |
| КОШАРКА |
| ОДБОЈКА |
| РАКОМЕТ |
| ФУДБАЛ |