Во рамките на наставно-научните организациски единици, Факултетот за физичко образование, спорт и здравје има 7 основни внатрешни организациски единици – катедри и тоа:
КАТЕДРА ЗА МОНОСТРУКТУРАЛНИ СПОРТСКИ АКТИВНОСТИ |
АНТРОПОМОТОРИКА |
СПОРТСКА ГИМНАСТИКА |
КАТЕДРА ЗА ТЕОРЕТСКИ И МЕТОДСКИ ИСТРАЖУВАЊА |
ДИДАКТИКА НА ФИЗИЧКОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
ТЕОРИЈА И МЕТОДИКА НА СПОРТСКИОТ ТРЕНИНГ |
ТЕОРИЈА И МЕТОДИКА НА СПОРТСКАТА РЕКРЕАЦИЈА |
КИНЕЗИОЛОШКА АНТРОПОЛОГИЈА |
КАТЕДРА ЗА ОПШТЕСТВЕНИ НАУКИ |
ПСИХОЛОГИЈА НА ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
ИСТОРИЈА НА ФИЗИЧКАТА КУЛТУРА |
СОЦИОЛОГИЈА НА ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
МЕТОДОЛОГИЈА СО СТАТИСТИКА |
КАТЕДРА ЗА БИОЛОШКО-МЕДИЦИНСКИ НАУКИ |
КИНЕЗИТЕРАПИЈА |
БИОМЕХАНИКА |
МЕДИЦИНА НА СПОРТОТ |
ХИГИЕНА ВО ФИЗИЧКОТО И ЗДРАВСТВЕНОТО ОБРАЗОВАНИЕ И СПОРТОТ |
ФИЗИОЛОГИЈА |
ФУНКЦИОНАЛНА АНАТОМИЈА |
КАТЕДРА ЗА ИНДИВИДУАЛНИ СПОРТОВИ |
АТЛЕТИКА |
ПЛИВАЊЕ СО ВАТЕРПОЛО |
БОРЕЧКИ СПОРТОВИ – 1 (БОКС И БОРЕЊЕ) |
БОРЕЧКИ СПОРТОВИ – 2 (ЏУДО И КАРАТЕ) |
КАТЕДРА ЗА СПОРТСКИ ИГРИ |
КОШАРКА |
ОДБОЈКА |
РАКОМЕТ |
ФУДБАЛ |